Theo báo cáo của Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh, việc triển khai dự án mở rộng cảng Bến Nghé phát sinh nhiều khó khăn, đặc biệt việc đầu tư mở rộng cảng Bến Nghé không phù hợp với các quy hoạch đã được phê duyệt., Bộ Xây dung vừa thống nhất với kiến nghị của Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh trong việc ngừng thực hiện dự án mở rộng cảng Bến Nghé.

Tuy nhiên đối với kiến nghị xin phép được điều chỉnh quy hoạch của khu đất cho phù hợp để kêu gọi đầu tư, nếu được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận Bộ Xây dựngđề nghị Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh khi tiến hành triển khai điều chỉnh quy hoạch khu đất phải tuân thủ các quy hoạch của thành phố Hồ Chí Minh đã được phê duyệt. Ngoài ra, Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh còn phải báo cáo Thủ tướng về phương hướng giải quyết đối với nguồn vốn ngân sách thành phố đã sử dụng để bồi thường giải phóng mặt bằng, hỗ trợ tái định cư cho dự án.